Microarrays with Probes Recognized by omniBiomarker
Probes in common microarray platforms (Affymetrix, Agilent, and Illumina) are well represented in the Cancer Gene Index. A large number of biomarkers for common diseases such as renal, prostate, liver, and pancreatic cancer are also included in the probe sets of common microarrays. Click on the microarray names to download a list of probe IDs. Probe IDs are listed with gene symbol, HGNC ID, LocusLink ID, Uniprot, RefSeq Accession, and a gene description when applicable.
All CGI Genes   Renal Carcinoma Genes Prostate Carcinoma Genes Liver Carcinoma Genes Pancreatic Carcinoma Genes
Cancer Gene Index (CGI) 6364 (100%)
285 (__4%)
1172 (_18%)
1323 (_21%)
722 (_11%)
% of
% of
% of
% of
% of
Affymetrix: Human Genome Focus
2111 (_33%)
119 (_42%)
449 (_38%)
507 (_38%)
285 (_39%)
Affymetrix: Human Genome U133A
3174 (_50%)
171 (_60%)
659 (_56%)
722 (_55%)
401 (_56%)
Affymetrix: Human Genome U133A 2.0
3174 (_50%)
171 (_60%)
659 (_56%)
722 (_55%)
401 (_56%)
Affymetrix: Human Genome U133B
885 (_14%)
28 (_10%)
122 (_10%)
138 (_10%)
61 (__8%)
Affymetrix: Human Genome U133 Plus 2.0
3864 (_61%)
186 (_65%)
735 (_63%)
817 (_62%)
440 (_61%)
Affymetrix: Human Genome U219
4965 (_78%)
219 (_77%)
922 (_79%)
1032 (_78%)
565 (_78%)
Affymetrix: Human Genome U95A
1045 (_16%)
90 (_32%)
307 (_26%)
327 (_25%)
215 (_30%)
Affymetrix: Human Genome U95Av2
1039 (_16%)
90 (_32%)
304 (_26%)
323 (_24%)
214 (_30%)
Affymetrix: Human Genome U95B
244 (__4%)
5 (__2%)
34 (__3%)
43 (__3%)
17 (__2%)
Affymetrix: Human Genome U95C
171 (__3%)
5 (__2%)
30 (__3%)
26 (__2%)
12 (__2%)
Affymetrix: Human Genome U95D
112 (__2%)
6 (__2%)
26 (__2%)
32 (__2%)
12 (__2%)
Affymetrix: Human Genome U95E
187 (__3%)
7 (__2%)
34 (__3%)
38 (__3%)
26 (__4%)
Affymetrix: HT Human Genome U133A
3174 (_50%)
171 (_60%)
659 (_56%)
722 (_55%)
401 (_56%)
Affymetrix: HT Human Genome U133B
885 (_14%)
28 (_10%)
122 (_10%)
138 (_10%)
61 (__8%)
Affymetrix: HT Human Genome U133 Plus PM
3864 (_61%)
186 (_65%)
735 (_63%)
817 (_62%)
440 (_61%)
Affymetrix: Human Exon 1.0 ST
6318 (_99%)
285 (100%)
1163 (_99%)
1314 (_99%)
720 (100%)
Agilent: Human 1A
5165 (_81%)
242 (_85%)
959 (_82%)
1121 (_85%)
596 (_83%)
Agilent: Human 1A v2
5513 (_87%)
253 (_89%)
1018 (_87%)
1175 (_89%)
633 (_88%)
Agilent: Human 1B
1775 (_28%)
86 (_30%)
375 (_32%)
387 (_29%)
226 (_31%)
Agilent: Human MAQC Focus
4604 (_72%)
228 (_80%)
878 (_75%)
983 (_74%)
546 (_76%)
Agilent: SurePrint G3 Human Exon 2x400k
6299 (_99%)
284 (100%)
1156 (_99%)
1313 (_99%)
718 (_99%)
Agilent: SurePrint G3 Human Exon 4x180k
6175 (_97%)
280 (_98%)
1138 (_97%)
1291 (_98%)
709 (_98%)
Agilent: SurePrint G3 Human GE 8x60k
5984 (_94%)
273 (_96%)
1083 (_92%)
1242 (_94%)
684 (_95%)
Agilent: Whole Human Genome 4x44k
5947 (_93%)
271 (_95%)
1101 (_94%)
1236 (_93%)
681 (_94%)
Agilent: Whole Human Genome 4x44k v2
5982 (_94%)
273 (_96%)
1083 (_92%)
1242 (_94%)
684 (_95%)
Agilent: Whole Human Genome Oligo
5947 (_93%)
271 (_95%)
1101 (_94%)
1236 (_93%)
681 (_94%)
Illumina: Human HT 12
6195 (_97%)
278 (_98%)
1138 (_97%)
1286 (_97%)
704 (_98%)
Illumina: Human Ref 8
5971 (_94%)
270 (_95%)
1106 (_94%)
1256 (_95%)
684 (_95%)
Illumina: Human WG 6
6125 (_96%)
277 (_97%)
1126 (_96%)
1279 (_97%)
698 (_97%)
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